经国家宗教局批准，我院于2005年9月开设圣乐科，学制为两年。这是目前全国21所神学院校中唯一有学制的特殊专业，其办学宗旨是为华东地区教会培养具有较好的灵性修养和一定音乐素养，兼具教牧与圣乐工作能力的专门人才。圣乐科每两年招生一次。招收对象是以神学专业毕业的教牧人员为主要培养对象，兼收具高中毕业以上学历的从事圣乐工作的教会义工。2011年9月，经国家宗教局批准，我院圣乐科开始面向全国教会招生，招生名额为35名。
我院圣乐教育的几大特色：
1、圣乐科师资力量雄厚。神学院地处上海，占有天时地利人和的优势，聘请音乐教授到神学院来授课。圣乐科面向全国扩招之后，我院又新增了多位专业教师。目前在我院授课的音乐专业教师近30位，其中具有高级职称的有7位。
2、圣乐科一些课程是以小课的方式进行。如钢琴与声乐课，每个声乐和钢琴教师只负责教导五至六个学生，学生在学习的过程中可以深入掌握这两门技能。另外，考虑到有部分学生以前没有学过神学专业，学校专门为他们开设圣经概论、教会历史、神学综论与基督教思想史等课。
3、圣乐科的硬件设备齐全。圣乐科面向全国教会扩招之后，我院更新了圣乐科教室的硬件设备，目前我院圣乐科教师是一个具备现代化教学视听环境的教室，其中有钢琴、投影、电脑、功放、音响等设备。为了让学生在课后可以多练琴，学校为圣乐科提供十多个琴房与钢琴。此外，学院也有丰富的圣乐图书、音像资料，供学生在课后阅读与使用。
4、圣乐科学生实践机会多。在两年的圣乐教育过程中，学校多方面为学生提供实践的机会。每学期圣乐科同学都被邀到教会音乐崇拜献唱，有的司琴，带领诗班或领唱等。
5、圣乐科讲座内容丰富。为了拓展学生的视野，使学生在专业学习过程中有更广泛的接触，我院对圣乐科的专业讲座作了精心安排。每学期学院都会邀请圣乐届的前辈、专家；民乐界的权威、学者、演奏家；以及与圣乐研究有
6、圣乐科扩招之后，学院为圣乐科新增了选修课的内容。学院根据学生的爱好，本学期新开设了四个器乐选修课，分别是小提琴、电吉他、架子鼓和现代键盘音乐。
7、圣乐科的学制与文凭。目前我院圣乐科的学制仍为两年。学生入学前已具神学专业毕业文凭的，完成规定课程，考试及格，发圣乐专业本科文凭。入学前无神学专业毕业文凭的，完成规定课程，考试及格，发圣乐专业专科文凭。
